Termin odliczenia podatku naliczonego z otrzymanego duplikatu faktury zależy od tego, czy oryginał faktury wcześniej dotarł do adresata i następnie zaginął bądź uległ zniszczeniu, czy też w ogóle adresat go nie otrzymał.

W przypadku gdy nabywca towaru lub usługi dokonał odliczenia VAT naliczonego z otrzymanego oryginału faktury (który następnie zaginął), wówczas duplikat stanowi jedynie formę potwierdzenia uprzednio zaewidencjonowanej operacji.

Inaczej jest, gdy oryginał faktury nie dotarł do nabywcy. Wówczas duplikat traktowany jest jak oryginał faktury. Prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje w takim przypadku w rozliczeniu za okres, w którym z tytułu danej transakcji powstał obowiązek podatkowy u sprzedającego. Prawo to jednak nie może być zrealizowane wcześniej niż w rozliczeniu za okres, w którym nabywca otrzymał fakturę potwierdzającą zakup.